1. Profanazione e repristinazione 1789 - 1833
Disposizione del Fondo di religione di Milano, in esecuzione dell'ordinanza del Regio Governo, per la chiusura di tutte le chiese che non siano parrocchiali o sussidiarie, fra le quali San Michele e la Cappella del Lazzaretto (1789). Revoca dell'ordine di chiusura di San Michele da parte del Consiglio governativo.
Richiesta del Comitato Militare di cessione del complesso del Foppone. Pratiche relative allo sgombero e all'occupazione dei locali da parte delle truppe francesi (1797). Richiesta di riapertura della chiesa da parte conte Carlo Maria Taverna (1799).
Riapertura della chiesa: cerimonia di benedizione presieduta dal Prefetto di Porta Nuova, monsignor Arciprete Opizzoni.
Ordine di chiusura della chiesa di San Michele emanato dalla Sezione I (Ospedali) della Congregazione di Carità napoleonica (30 giugno 1808); processo verbale della soppressione della chiesa di San Michele, dell'oratorio di Santo Spirito detto della Colombetta (decreti di Sua altezza imperiale il principe Vicerè del 10 e 22 marzo 1808).
Pratiche per il ripristino della chiesa di San Michele. Relazioni del capo archivista dell'Ospedale, Carlo Borbone, sul Foppone in occasione del progetto che lo vedrebbe destinato a Pantheon italiano per la sepoltura dei patrioti (decreto vicereale 22 giugno 1809).
Perizia sul valore del complesso del Foppone in vista della destinazione a Pantheon italiano, effettuata dall'ingegnere Pietro Castelli.
Istanza per il ripristino della chiesa presentata alla Delegazione provinciale dai Confratelli della chiesa di San Michele nel 1814.
Atti relativi alla riapertura della chiesa al culto in data 22 agosto 1814.
Richiesta del Rettore di San Michele, Luigi Carcano, di conferma di indulgenze (1815).
Richiesta, nel 1831, dell'Amministrazione dell'Ospedale di sgombero della chiesa di San Michele per permettere l'insediamento del deposito di merci infette o sospette della Commissione sanitaria della città e dei corpi santi di Milano. Perizia dell'ingegnere Belloli sul complesso di San Michele per stabilire le riparazioni occorrenti.
Esecuzione delle opere di adattamento per rendere i locali idonei ad ospitare il deposito di merci infette.
Epurazione degli spurghi del Foppone. Spurgo delle merci sospette di colera (1832). Ispezione dell'ingegnere Cadolini per determinare il valore degli oggetti recuperabili dalla demolizione delle opere eseguite al Foppone su ordine della Delegazione provinciale. Spese sostenute per i lavori di adattamento. Vendita all'asta dei materiali ricavabili dalla demolizione delle opere per gli spurghi eseguite al Foppone.
2. Progetto di ridurre ad ospedale quel locale 1848
Atti relativi al progetto di allestimento di un reparto ospedaliero presso i locali del Foppone in seguito all'affluenza straordinaria dei malati nel 1848. Direttive della Delegazione Provinciale sulla stima delle opere da eseguire ai locali per renderli idonei ad ospitare i malati.
3. Progetti e provvidenza per sanare la deficienza 1823 - 1836
Atti relativi ai progetti e alle opere realizzate dall'Amministrazione ospedaliera per sanare le carenze della Chiesa di San Michele dopo la riapertura nel 1814.
Progetto di alienazione dei locali del Foppone in favore del Regio Demanio. Prospetti delle spese per la chiesa di San Michele.