Congregazioni di laici dirette da un superiore, il Prefetto o priore, le Confraternite erano dedite allo svolgimento comune di pratiche religiose. Pregavano per i vivi e per i morti ed esercitavano opere buone per la salvezza delle anime proprie e di quelle dei confratelli, onde ottenere presso Dio la remissione dei peccati. Già esistenti nell’alto Medioevo, nel corso del XIII secolo si diffusero rapidamente nella penisola con il favore della chiesa. Tra queste associazioni laicali ve ne erano alcune, dette dei Disciplinati, Flagellanti o Battuti, che praticavano l’autoflagellazione. Le prime apparizioni in pubblico dei Disciplinati di Gesù Cristo si fanno risalire all’incirca al 1260, allorché il perugino Ranieri Fasani, vestito di sacco e cinto di fune, scuoteva le coscienze con l’esempio e la predicazione. Il suo esempio venne imitato e si estese dal contado perugino alla valle di Spoleto, e da Genova dilagò in Provenza, quindi in Germania, e dal Friuli in Austria.

Male accolti a Milano durante la Signoria di Martino della Torre (1263), i Disciplinati vi fecero ritorno con la Signoria dei Visconti (1310-1330). Si insediarono nel luogo denominato delle Case Rotte o “Caruptis”, la strada che tutt’oggi porta da piazza della Scala al fianco della chiesa di S. Fedele. Gli antichi edifici della via, di proprietà dei della Torre, erano stati saccheggiati e demoliti.
In questa sede la Confraternita prosperò grazie ai legati pii, alle donazioni, alla sottoscrizione di prestiti, alla riscossione di affitti per le sue proprietà, ai lasciti dei confratelli. Era dedita all’opera pia di assistenza e conforto dei condannati a morte, e provvedeva alle loro esequie e per questo aveva conquistato la benemerenza della città.
Nel XIV secolo era testimoniata la presenza nell’area vicina alla chiesa di S. Fedele, di case, di una “Domus”, o “Habitaculum”, dei battuti della morte o di S. Maria della Morte, di un giardino e di un brolo o porticato.

I lavori di edificazione della chiesa, dedicata a S. Giovanni Decollato, e del cimitero ove seppellire i corpi dei confratelli defunti e dei condannati a morte furono realizzati dopo il 1412, anno in cui venne concessa l’autorizzazione alla costruzione.
La piccola chiesa è ricordata nella letteratura artistica. Torre nel 1674 la descriveva: “in antica architettura […], senz’alcuno abbellimento, con soffitta in legno, e con due sole Capelle”. Ceruti nel 1874 scriveva a proposito della pianta datata 1573: “in laterizio ad arco acuto, col tetto coperto di tavole, di forma quadrata irregolare […] con due porte di diversa luce, e la posteriore la metà. Aveva ai fianchi due cappelle, l’una dedicata alla Vergine a destra, l’altra al santo titolare a manca, oltre l’altare maggiore”.

Michelino da Besozzo attr., Madonna col Bambino tra i Santi Giovanni e Pietro Martire, 1388-1445 ca., Affresco strappato trasportato su tela, 134×83, Milano, Civiche Raccolte d’Arte, depositi. La lunetta appare nell’elenco delle opere consegnate al Castello Sforzesco nel 1907, proveniva da una delle porte laterali di accesso alle cappelle della Chiesa di S. Giovanni Decollato alle Case Rotte.