Il primo progetto di ricostruzione, datato 1912, firmato dall’architetto Augusto Brusconi (1859-1924), fu redatto contestualmente all’ipotesi di ricostruzione della chiesa di S. Maria Segreta in piazza Tommaseo. Il progetto prevedeva, sull’angolo di via Ariosto, la ricostruzione dell’atrio della chiesa di S. Giovanni alle Case Rotte.

Nel 1924 la fabbriceria di S. Maria Segreta affidò all’architetto Paolo Mezzanotte (1878-1969) il completamento dell’opera di Brusconi, nel frattempo deceduto. La fabbriceria richiese le pietre della facciata che erano rimaste esposte in un terreno comunale in via Mantegna. Gli elementi architettonici di maggior valore, che avrebbero dovuto essere catalogati e conservati nei depositi del Comune, per essere utilizzati al momento della promessa ricostruzione, erano rimasti accatastati in modo confuso e disordinato. Furono richiesti successivamente la cancellata in ferro e gli affreschi conservati nei depositi comunali. La cessione dei beni venne autorizzata.

Facciata ricollocata in via Ariosto

La struttura originaria della facciata in mattoni a vista è oggi perduta, ricoperta da un intonaco che imita il colore del laterizio. I capitelli sono ora per la maggior parte in cemento. Scriveva Paolo Mezzanotte a proposito della facciata ricostruita: ”La si potrebbe considerare come ricostruita per intero coi pezzi originali sulla via Ariosto, se non fosse che per scarsità di spazio si dovettero sostituire con massicci pilastri le due ali laterali a muro pieno: intatta la ricca cancellata in ferro battuto a chiusura del triplice ingresso”.
Anche le pitture che decoravano l’interno risultano per lo più disperse o distrutte. Una delle opere di cui si ha notizia è l’affresco che ricopriva la volta del coro, trasportato su tela, tutt’ora collocato sopra lo scalone d’onore del Palazzo dei Giureconsulti.
Avulsa dalla sua collocazione originaria la chiesa di S. Giovanni Decollato alle Case Rotte cadde nell’oblio.