Durante la dominazione austriaca arrivò, nel 1784, l’ordine di soppressione della Confraternita. Mobili e immobili divennero di proprietà del Fondo di Religione che curava per conto del Regio Economato la gestione dei beni di enti e confraternite soppresse.
Dieci anni dopo il Comune di Milano acquisiva dal Demanio il caseggiato nella contrada di S. Giovanni alle Case Rotte. Gli spazi furono destinati ad archivio municipale.

Autore non identificato, Milano – Chiesa di S. Giovanni Decollato alle Case Rotte – Interno – Archivio Comunale, Gelatina bromuro d’argento su carta, 24×30, 1900-1906, Milano, Civico Archivio Fotografico (link alla scheda di catalogo)

Nel 1875 il Regio Governo Italiano fece sconsacrare e chiudere al pubblico la chiesa che venne venduta al Comune di Milano e convertita nella sede di alcuni uffici. La Consulta del Museo Archeologico, con nota dell’11 marzo 1873, così si era espressa: “la chiesa non ha interesse storico, sotto l’aspetto dell’arte non presenta, specialmente nell’interno, importanza tale da sconsigliarne la trasformazione”.

Il Ministero di Grazia e Giustizia e dei Culti, il 27 novembre, confermava l’inutilità per la popolazione ai fini del culto. La Giunta, riunitasi il 9 dicembre 1873, aveva valutato che “l’esistenza di questa chiesa non è collegata ad alcun fatto di storia municipale o generale” e che, sebbene costruita dal Richini, di tale architetto “anche soppressa questa, conserviamo ancora le chiese di S. Giuseppe e S. Nazaro Pietra Santa”. La notizia dell’imminente chiusura del luogo sacro, resa nota nell’aprile del 1875, fu seguita da una serie di provvedimenti volti allo sgombero della chiesa e al trasferimento dei beni in altro luogo.

Parte degli oggetti sarebbe andata alla chiesa di S. Bernardino alle Ossa di Milano, i quadri alla Civica Pinacoteca e all’Arcivescovo, l’Altare della Madonna del Latte sarebbe stato ricollocato nella vicina chiesa di S. Fedele. Altre opere furono destinate all’alienazione.
Il piccolo ma prezioso edificio si avviò così al suo degrado definitivo e non fece più parlare di sé fino al 1906, anno in cui se ne discusse la demolizione.