Nel 1907 l’Ufficio Regionale per la Conservazione dei Monumenti di Lombardia si preparò allo spoglio della chiesa. Predispose che fosse fatto un generale e diligente rilievo architettonico dell’interno e dell’esterno del fabbricato; una serie di fotografie di assieme e di dettaglio degli elementi architettonici, ornamentali e pittorici di maggior importanza; una o più vedute prospettiche a colori riproducenti, nell’insieme, la decorazione dipinta nella volta; il distacco di tutte le parti pittoriche figurative e ornamentali che sarebbero state conservate nelle raccolte civiche o utilizzate come elemento di studio nelle scuole superiori d’arte applicata.

Vennero “salvati” dalla distruzione circa 180 mq di affreschi e 30 pezzi di scultura e decorazione architettonica che furono depositati presso il Castello Sforzesco, insieme ad un album contenente la serie di fotografie di assieme e dei particolari.

Giacomo Lecchi, Putto alato, 1728, affresco strappato trasportato su tela, 115X145, Milano, Civiche Raccolte d’Arte, depositi. L’angelo era posto originariamente a destra del medaglione, sopra la prima porta a sinistra entrando nella navata principale. Non risulta nell’elenco degli affreschi strappati. Fu donato al Castello Sforzesco nel 1953.

Giacomo Lecchi, Putto alato, 1728, affresco strappato trasportato su tela, 143X148, Milano, Civiche Raccolte d’Arte, depositi L’angelo si trovava a sinistra del medaglione, sopra la seconda porta a destra entrando nella navata principale, prima del coro. Non risulta nell’elenco degli affreschi strappati. Fu donato al Castello Sforzesco nel 1953. 

Oltre a ciò vennero conservate quattro colonne di granito con capitelli e basi, l’assieme architettonico delle tribune e tutti gli altri spogli di carattere artistico che avrebbero potuto interessare il Comune e sarebbero stati individuati dall’Ufficio Regionale per la Conservazione dei Monumenti di Lombardia.
Nel giugno del 1908 la chiesa risultava demolita. Così scomparve una delle opere più preziose del Barocco Lombardo, progettata da Francesco Maria Richini, l’architetto che aveva segnato il volto di Milano nel seicento. Le polemiche generate dalla notizia della demolizione furono placate da parte dell’Amministrazione Comunale con la rassicurante promessa di ricostruzione in altro luogo.