Collasso delle istituzioni del governo absburgico
Il 19 maggio 1796, con ordinanza del generale in capo dell'armata d'Italia, Bonaparte, e del commissario del direttorio esecutivo della repubblica francese presso le armate d'Italia e delle Alpi, Saliceti, furono soppressi la giunta interinale di governo, il consiglio generale dei decurioni e il magistrato politico camerale, rimpiazzati da un'agenzia militare composta di tre agenti: Maurin, Patrault e Reboul, scelti personalmente da Bonaparte e dal commissario del direttorio esecutivo.
L'agenzia militare di Lombardia
Organo supremo di governo, di controllo e di raccordo tra i vari corpi, l'agenzia militare dipendeva dal comandante le truppe di stanza nella Lombardia, responsabile della sicurezza e dell'ordine interno del paese. L'agenzia, in primo luogo, soprintendeva all'esazione delle contribuzioni di guerra, alla loro ripartizione tra gli enti pubblici e alla riscossione delle imposte, potendo disporre a tal fine di esattori e di investigatori militari sparsi sul territorio lombardo; godeva inoltre di ampi poteri nella scelta del personale e delle magistrature pubbliche.
Incaricata, con ordinanza del 24 giugno 1796, di rimpiazzare "il commissario di governo per tutte le decisioni urgenti [...] sì in riguardo alla tassazione ed esazione, che rispetto alla necessaria firma de' ruoli delle provincie", l'agenzia militare fu soppressa, dopo tre mesi di attività, sul finire del mese di agosto, quando le sue funzioni furono affidate all'amministrazione generale di Lombardia.
L'amministrazione generale di Lombardia
Alla fine del mese di agosto del 1796, la congregazione dello stato di Milano, dopo essere stata investita del controllo sulle contribuzioni di guerra, già di pertinenza della cessata agenzia militare, divenne amministrazione generale di Lombardia. Sull'amministrazione venne inoltre a ricadere la responsabilità della pubblica sicurezza e "l'immediata vigilanza di una parte tanto interessante il patrimonio dello stato" - tra cui quella sul Fondo di religione - da giustificare la soppressione dell'intendenza generale di finanza, sostituita allora da una semplice ispettoria centrale di finanza.
Sul finire di ottobre gli fu infine trasferita dal generale Bonaparte quella
bq. parte del pien-potere sulla Lombardia che guarda le materie politiche e civili d'un interna amministrazione.
Dell'amministrazione generale, le cui decisioni dovevano ricevere la sanzione del comandante militare della Lombardia, facevano parte tre comitati: il comitato di corrispondenza, il comitato militare e il comitato centrale di polizia. Quest'ultimo, costituito con ordinanza 31 ottobre 1796, era formato da tre membri e corrispondeva con i comitati di polizia attivati presso le municipalità delle province lombarde, con i pretori, il capitano di giustizia e tutti i tribunali.
Con la medesima disposizione furono anche previsti sette commissari delegati dall'amministrazione e dipendenti del comitato centrale, sei per le province e uno per la città di Milano, con l'incarico di
bq. scorrere i distretti loro destinati.
Compartimento dell'amministrazione generale
L'organizzazione dell'Amministrazione generale di Lombardia venne precisata sul finire del mese di gennaio del 1797, con la pubblicazione del compartimento interno, che prevedeva l'attivazione di quattro dipartimenti. Il primo, formato da due rappresentanti, doveva occuparsi di pie fondazioni, ospedali, luoghi pii, commissione ecclesiastica, decime e livelli ecclesiastici, sanità, studi, scuole normali, pubblica istruzione, popolazione e posta.
Al secondo, di quattro membri, spettava l'intervento su questioni relative ad acque, argini e dugali, navigazione, pesca, confini, boschi, caccia, contabilità, monti, soldi, pensioni e normali, archivi, esenzioni, censo, livelli e decime laiche, amministrazione pubblica, tasse, teatri, tribunali e giustizia, satellizio, strade, fabbriche, oggetti straordinari, corrispondenze, casa d'arresto e di correzione, commissione centrale di polizia.
Il terzo dipartimento, composto di quattro membri, aveva competenze su contribuzioni, requisizioni, imposte, ragionateria e tesoreria generale, riparti e conguagli tra i pubblici, alloggi, fazioni militari, impieghi in genere, economia interna, arti e manifatture, comitato centrale militare. All'ultimo dipartimento, di due soli membri, spettavano infine gli affari riguardanti finanze, lotto, zecca, diritti camerali redenti, commercio, annona, mercati e fiere, camere mercantili.
